Peta multi-skala struktur sel yang menggabungkan gambar dan interaksi protein
Nature

Peta multi-skala struktur sel yang menggabungkan gambar dan interaksi protein

  • 1.

    Harold, Molekul FM ke dalam sel: menentukan arsitektur spasial. Mikrobiol. mol. Biol. Putaran. 69, 544–564 (2005).

    Artikel CAS Google Cendekia

  • 2.

    Mori, H. & Cardiff, RD Metode imunohistokimia dan imunofluoresensi: mengubah tak terlihat menjadi terlihat. Di dalam Lingkungan Mikro Tumor, Metode dalam Biologi Molekuler Jil. 1458 (eds Ursini-Siegel, J. & Beauchemin, N.) 1–12 (Humana Press, 2016).

  • 3.

    Aebersold, R. & Mann, M. Eksplorasi spektrometri massa struktur dan fungsi proteom. Alam 537, 347–355 (2016).

    Artikel ADS CAS Google Cendekia

  • 4.

    Tul, PJ dkk. Peta subseluler dari proteom manusia. Sains 356, eaal3321 (2017).

    Artikel Google Cendekia

  • 5.

    Huttlin, EL dkk. Arsitektur interaksi manusia mendefinisikan komunitas protein dan jaringan penyakit. Alam 545, 505–509 (2017).

    Artikel ADS CAS Google Cendekia

  • 6.

    Schaffer, LV & Ideker, T. Pemetaan struktur multiskala sistem biologis. Sistem Sel. 12, 622–635 (2021).

    Artikel CAS Google Cendekia

  • 7.

    Ouyang, W.et al. Analisis kompetisi Human Protein Atlas Image Classification. Nat. Metode 16, 1254–1261 (2019).

    Artikel CAS Google Cendekia

  • 8.

    Grover, A. & Leskovec, J. node2vec: pembelajaran fitur yang dapat diskalakan untuk jaringan. Dalam KDD ’16: Prok. Konferensi Internasional 22nd ACM SIGKDD tentang Penemuan Pengetahuan dan Penambangan Data 855–864 (2016).

  • 9.

    Goodfellow, I., Bengio, Y., Courville, A. & Bengio, Y. Pembelajaran Mendalam Jilid 1 (MIT Press, 2016).

  • 10.

    Fortunato, S. & Hric, D. Deteksi komunitas dalam jaringan: panduan pengguna. fisik. Reputasi. 659, 1–44 (2016).

    Artikel ADS MathSciNet Google Cendekia

  • 11.

    Pergi, CD dkk. Peta biotinilasi yang bergantung pada kedekatan dari sel manusia. Alam 595, 120–124 (2021)

    Artikel ADS CAS Google Cendekia

  • 12.

    Meyers, RM dkk. Koreksi komputasional dari efek nomor salinan meningkatkan spesifisitas layar esensialitas CRISPR-Cas9 dalam sel kanker. Malam. gen. 49, 1779–1784 (2017).

    Artikel CAS Google Cendekia

  • 13.

    Deckert, J.et al. Komposisi protein dan struktur mikroskop elektron dari kompleks spliceosomal B manusia yang dimurnikan dengan afinitas yang diisolasi dalam kondisi fisiologis. mol. Sel. Biol. 26, 5528–5543 (2006).

    Artikel CAS Google Cendekia

  • 14.

    Charenton, C., Wilkinson, ME & Nagai, K. Mekanisme transfer situs splice 5′ untuk aktivasi spliceosome manusia. Sains 364, 362–367 (2019).

    Artikel ADS CAS Google Cendekia

  • 15.

    Yoshikatsu, Y. dkk. NVL2, AAA-ATPase nukleolar, dikaitkan dengan eksosom nuklir dan terlibat dalam pemrosesan pra-rRNA. Biokimia. Biofis. Res. komuni. 464, 780–786 (2015).

    Artikel CAS Google Cendekia

  • 16.

    Chaudhuri, S.et al. Protein ribosom manusia L13a dapat dibuang untuk fungsi ribosom kanonik tetapi sangat diperlukan untuk metilasi rRNA yang efisien. RNA 13, 2224–2237 (2007).

    Artikel CAS Google Cendekia

  • 17.

    Tafforeau, L. et al. Kompleksitas biogenesis ribosom manusia diungkapkan oleh penyaringan nukleolar sistematis faktor pemrosesan pra-rRNA. mol. Sel 51, 539–551 (2013).

    Artikel CAS Google Cendekia

  • 18.

    Eppens, NA dkk. Penghapusan dalam domain S1 dari Rrp5p menyebabkan pemrosesan di situs baru di ITS1 ragi pra-rRNA yang bergantung pada Rex4p. Asam Nukleat Res. 30, 4222–4231 (2002).

    Artikel CAS Google Cendekia

  • 19.

    De Silva, D., Tu, Y.-T., Amunts, A., Fontanesi, F. & Barrientos, A. perakitan ribosom mitokondria dalam kesehatan dan penyakit. Siklus sel 14, 2226–2250 (2015).

    Artikel Google Cendekia

  • 20.

    Blencowe, BJ dkk. Subunit koaktivator penyambungan SRm160/300. RNA 6, 111-120 (2000).

    Artikel CAS Google Cendekia

  • 21.

    Konsorsium UniProt. UniProt: pusat pengetahuan protein di seluruh dunia. Asam Nukleat Res. 47, D506–D515 (2019).

    Artikel Google Cendekia

  • 22.

    Pavan Kumar, P.et al. Fosforilasi SATB1, pengatur gen global, bertindak sebagai sakelar molekuler yang mengatur aktivitas transkripsi in vivo. mol. Sel 22, 231–243 (2006).

    Artikel CAS Google Cendekia

  • 23.

    Pomeranz Krummel, DA, Oubridge, C., Leung, AKW, Li, J. & Nagai, K. Struktur kristal manusia spliceosomal U1 snRNP pada resolusi 5,5 A. Alam 458, 475–480 (2009).

    Artikel ADS CAS Google Cendekia

  • 24.

    Fleckner, J., Zhang, M., Valcárcel, J. & Green, MR U2AF65 merekrut protein kotak MATI manusia baru yang diperlukan untuk interaksi titik cabang snRNP U2. Pengembang Gen. 11, 1864–1872 (1997).

    Artikel CAS Google Cendekia

  • 25.

    Van Nostrand, EL dkk. Peta pengikatan dan fungsional skala besar dari protein pengikat RNA manusia. Alam 583, 711–719 (2020).

    Artikel IKLAN Google Cendekia

  • 26.

    Van Nostrand, EL dkk. Profil target protein pengikat RNA yang kuat dan hemat biaya dengan penautan silang dan imunopresipitasi (seCLIP) ujung tunggal yang ditingkatkan. Di dalam Pemrosesan mRNA, Metode dalam Biologi Molekuler Vol. 1648 (ed. Shi, Y.) 177–200 (Humana Press, 2017).

  • 27.

    Stryer, L. Transfer energi fluoresensi sebagai penggaris spektroskopi. annu. Pdt. Biokimia. 47, 819–846 (1978).

    Artikel CAS Google Cendekia

  • 28.

    Wang, T.et al. Profil esensialitas gen mengungkapkan jaringan gen dan interaksi mematikan sintetis dengan Ras onkogenik Sel 168, 890–903 (2017).

    Artikel CAS Google Cendekia

  • 29.

    Huttlin, EL dkk. Jaringan skala proteome ganda mengungkapkan remodeling spesifik sel dari interaksi manusia. Sel 184, 3022–3040 (2021).

    Artikel CAS Google Cendekia

  • 30.

    Williams, SG & Hall, KB Protein U2B″ Manusia mengikat snRNA stemloop. Biofis. Kimia 159, 82–89 (2011).

    Artikel CAS Google Cendekia

  • 31.

    Huang, G., Liu, Z., van der Maaten, L. & Weinberger, KQ Jaringan konvolusi yang terhubung erat. Pracetak di https://arxiv.org/abs/1608.06993 (2016).

  • 32.

    Nusinow, DP dkk. Proteomik kuantitatif dari Cancer Cell Line Encyclopedia. Sel 180, 387–402 (2020).

    Artikel CAS Google Cendekia

  • Posted By : keluaran hk 2021