Varian virus corona yang sangat bermutasi membuat para ilmuwan waspada
Nature

Varian virus corona yang sangat bermutasi membuat para ilmuwan waspada

Orang-orang yang memakai alat pelindung diri menjemput pasien yang diduga COVID-19

Petugas medis di unit penyakit menular di Afrika Selatan, tempat jenis baru COVID menyebar dengan cepat.Kredit: Alet Pretorius/Gallo Images/Getty

Para peneliti di Afrika Selatan berlomba melacak munculnya varian baru virus corona penyebab COVID-19. Varian ini menyimpan sejumlah besar mutasi yang ditemukan pada varian lain, termasuk Delta, dan tampaknya menyebar dengan cepat ke seluruh Afrika Selatan.

Prioritas utama adalah melacak varian lebih dekat saat menyebar: pertama kali diidentifikasi di Botswana bulan ini dan telah muncul di pelancong ke Hong Kong dari Afrika Selatan. Para ilmuwan juga mencoba memahami sifat-sifat varian, seperti apakah ia dapat menghindari respons imun yang dipicu oleh vaksin dan apakah itu menyebabkan penyakit yang lebih atau kurang parah daripada varian lainnya.

“Kami terbang dengan kecepatan melengkung,” kata Penny Moore, ahli virus di Universitas Witwatersrand di Johannesburg, yang labnya mengukur potensi varian untuk menghindari kekebalan dari vaksin dan infeksi sebelumnya. Ada laporan anekdot tentang infeksi ulang dan kasus pada individu yang divaksinasi, tetapi “pada tahap ini terlalu dini untuk mengatakan apa pun,” tambah Moore.

“Ada banyak hal yang tidak kami pahami tentang varian ini,” Richard Lessells, seorang dokter penyakit menular di Universitas KwaZulu-Natal di Durban, Afrika Selatan, mengatakan pada konferensi pers yang diselenggarakan oleh departemen kesehatan Afrika Selatan pada 25 November. “Profil mutasi membuat kami khawatir, tetapi sekarang kami perlu melakukan pekerjaan untuk memahami pentingnya varian ini dan apa artinya bagi respons terhadap pandemi.”

Kelompok ahli Organisasi Kesehatan Dunia (WHO) akan bertemu pada 26 November, dan kemungkinan akan memberi label strain – saat ini dikenal sebagai B.1.1.529 – sebagai varian perhatian atau varian minat, Tulio de Oliveira, ahli bioinformatika di Universitas dari KwaZulu-Natal, mengatakan pada briefing. Varian tersebut kemungkinan akan diberi nama Nu – huruf berikutnya yang tersedia dalam sistem penamaan Yunani untuk varian virus corona – jika ditandai oleh grup WHO.

Para peneliti juga ingin mengukur potensi varian untuk menyebar secara global, berpotensi memicu gelombang infeksi baru atau memperburuk kenaikan berkelanjutan yang didorong oleh Delta.

Perubahan pada spike

Para peneliti melihat B.1.1.529 dalam data sekuensing genom dari Botswana. Varian ini menonjol karena mengandung lebih dari 30 perubahan pada protein lonjakan – protein SARS-CoV-2 yang mengenali sel inang dan merupakan target utama respons imun tubuh. Banyak perubahan telah ditemukan dalam varian seperti Delta dan Alpha dan terkait dengan peningkatan infektivitas dan kemampuan untuk menghindari antibodi penghambat infeksi.

Tetapi peningkatan tajam varian ini di provinsi Gauteng Afrika Selatan – rumah bagi Johannesburg – juga memicu alarm. Kasus meningkat pesat di provinsi tersebut pada bulan November, terutama di sekolah dan di kalangan anak muda, menurut Lessells. Pengurutan genom dan analisis genetik lainnya dari tim de Oliveria menemukan bahwa varian B.1.1.529 bertanggung jawab atas semua 77 sampel virus yang mereka analisis dari Gauteng, yang dikumpulkan antara 12 dan 20 November. Analisis ratusan sampel lagi sedang dikerjakan.

Varian ini memiliki mutasi lonjakan yang memungkinkannya dideteksi dengan tes genotipe yang memberikan hasil jauh lebih cepat daripada sekuensing genom, kata Lessells. Bukti awal dari tes ini menunjukkan bahwa B.1.1.529 menyebar jauh lebih luas daripada Gauteng. “Kami khawatir varian ini mungkin sudah beredar cukup luas di dalam negeri,” kata Lessells.

Efektivitas vaksin

Untuk memahami ancaman yang ditimbulkan B.1.1.529, para peneliti akan melacak dengan cermat penyebarannya di Afrika Selatan dan sekitarnya. Para peneliti di Afrika Selatan mengerahkan upaya untuk mempelajari varian Beta dengan cepat, yang diidentifikasi di sana pada akhir 2020, dan upaya serupa mulai mempelajari B.1.1.529.

Tim Moore — yang menyediakan beberapa data pertama tentang kemampuan Beta untuk menghindari kekebalan — telah mulai mengerjakan B.1.1.529. Mereka berencana untuk menguji kemampuan virus untuk menghindari antibodi pemblokiran infeksi, serta respons imun lainnya. Varian ini menyimpan sejumlah besar mutasi di daerah protein lonjakan yang dikenali antibodi, yang berpotensi meredam potensinya. “Banyak mutasi yang kami tahu bermasalah, tetapi lebih banyak lagi yang sepertinya berkontribusi pada penghindaran lebih lanjut,” kata Moore. Bahkan ada petunjuk dari pemodelan komputer bahwa B.1.1.529 dapat menghindari kekebalan yang diberikan oleh komponen lain dari sistem kekebalan yang disebut sel T, kata Moore. Timnya berharap mendapatkan hasil pertama dalam dua minggu.

“Pertanyaan yang membara adalah apakah itu mengurangi efektivitas vaksin, karena memiliki begitu banyak perubahan,” kata Aris Katzourakis, yang mempelajari evolusi virus di Universitas Oxford, Inggris.

Para peneliti di Afrika Selatan juga akan mempelajari apakah B.1.1.529 menyebabkan penyakit yang lebih parah atau lebih ringan daripada varian lainnya, kata Lessells. “Pertanyaan yang sangat penting adalah seputar keparahan penyakit.”

Sejauh ini, ancaman B.1.1.529 di luar Afrika Selatan masih jauh dari jelas, kata para peneliti. Tidak jelas apakah varian ini lebih menular daripada Delta, kata Moore, karena saat ini jumlah kasus COVID-19 di Afrika Selatan masih rendah. “Kami dalam jeda,” katanya. Katzourakis mengatakan bahwa negara-negara di mana Delta sangat lazim harus memperhatikan tanda-tanda B.1.1.529. “Kita perlu melihat apa yang dilakukan virus ini dalam hal keberhasilan kompetitif dan apakah prevalensinya akan meningkat.”

Posted By : keluaran hk 2021